In Hessen leben 22 Fledermausarten. Sie haben eine komplexe Biologie mit hohen Ansprüchen an ihren ganzjährigen Lebensraum. Die reichen von den Wochenstubenquartieren der Weibchen, über Jagdhabitate und Paarungsquartiere bis zu den Hangplätzen für die Überwinterung. Quartiervernichtung und der Einsatz von Pestiziden haben die nächtlichen Insektenjäger an den Rand des Aussterbens gebracht. Fast alle Arten stehen auf der Roten Liste der bestandsgefährdeten Säugetiere Hessens.

Fledermäuse haben unterschiedliche Quartieransprüche. Die häufigste Fledermaus ist die Zwergfledermaus. Sie bewohnt schmale Spalten an Hausfassaden, zum Teil in Gemeinschaften von Weibchen und Jungtieren, sogenannten Wochenstuben, die über 100 Tiere umfassen. Andere Arten, wie das Graue Langohr oder das Große Mausohr, leben in Kirchendachstühlen. Die Bechsteinfledermaus wiederum ist ein typischer Waldbewohner, der in alten Spechthöhlen den Tag verbringt.

Die HGON gehört zu den Pionieren des Fledermausschutzes in Hessen. Auf ihre Initiative wurden zahlreiche Höhlen und Stollen für die Überwinterung der Fledermäuse gegen Störung und Verbauung gesichert. Auch dem Schutz der Wochenstuben, in denen die Weibchen mit ihren Jungen leben, hat für die HGON immer hohe Priorität gehabt. Zum Beispiel beim Kauf des Fledermaushauses, der zweitgrößten Wochenstube des Großen Mausohrs in Hessen mit über 800 Tieren. Wir beteiligen führen aber auch eigene Untersuchungen und Bestandserfassungen zur Situation der kleinen Säugetiere durch, etwa im Hochtaunus oder im Main-Taunus-Kreis.